Здесь есть замена понятий.
В ЕС действительно ( и довольно давно) заявляют об отмене роялти, но это не плата за пролёт.
Перемешаны две разные вещи: royalty (отчисления) и fees (сборы), хотя они переводятся на русский язык примерно одинаково (в обиходе - плата за пролёт), но имеют разный юридический смысл
Роялти оплачивается по соглашению с Аэрофлотом, российской авиакомпанией. В результате чего Аэрофлот получает дотации (по некоторым данным - примерно 18% от доходов Аэрофлота), а значит и коммерческое преимущество над авиакомпаниями других стран (при этом часть оплаты попадает и в карманы "заинтересованных" лиц). ЕС выступает за оплату государству и службе воздушного движения.
Кроме того, Аэрофлот предоставляет право полётов только одной авиакомпании из каждой страны. Так например у Норвегиан Аир были проблемы с получением разрешения на пролёт из-за того, что у САС уже было такое разрешение. При том, что количество российских авиакомпаний, у которых было право полёта в Европу - не ограничено.
Т.е. в ЕС не отказываются от платы за пролёт над Сибирью, но хотят, чтобы пролётные деньги поступали не на счёт Аэрофлота, а на счёт службы движения. Ну и также, чтобы не было ограничений на полёты над Сибирью для всех европейских авиакомпаний, в том же виде, как нет ограничений для полёта всех российских авиакомпаний над Европой.